そのサードパーティ製のコントロールと独自に作成するコントロールの互換性がどの程度あるかにもよります。逆に言えば、互換性があるように作成しないとプログラムの手直しが発生します。
一般的には、プロパティやメソッドの互換性を保って独自にコントロールを作成するのであれば、プロジェクト内に記述されているサードパーティ製のコントロールの名前を、独自に作成されたコントロールの名前に一括置換するだけで基本的には大丈夫です。単なる文字列一括置換です。
追加で、型名や名前空間の変更なども必要になるかもしれませんが、こちらも文字列置換で基本的には問題ないはずです。
その他、調整が必要になるところがあるかもしれませんが、大きな問題ではないでしょう。
サードパーティ製のコントロールがどのようなものかはわかりませんが、一般的には上記の考え方で大丈夫です。
もちろん、一括置換する前にプロジェクトのバックアップは必ず取るようにして下さい。
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