お世話になります。
まず、.NetFrameworkは、1.1、2.0、3.0 ...など、同時に複数のランタイムをインストールすることができ、アセンブリがビルドされた際のバージョンやマニフェストファイル？などによって、どのランタイム上で実行するかを決めるしかけがあると思います。
それに関連して、.NetFramework2.0のSP1が入っているPCで、あるアプリは.Net2.0SP1で動作させ、もう１つのアプリは.Net2.0（SP1なし）で動作させることはできないでしょうか。
無理だろうな...と自分ではあきらめてしまっているところもありますが...。
SPも1つのランタイムバージョンとして、初版の2.0とは別ものとしてインストールされ、開発者がどちらで実行させるか制御できる余地が用意されていたらよいのに...と思ったりします。
無理でしょうか？
2.0と2.0SP1の関係については既に述べられている（共存できない）通りですが、補足です。
2.0と3.0は同じランタイムです。
3.0はバージョンが上がっていますが、大部分は2.0と同じDLLを使い、いくつかのクラスライブラリ（WPF, WCF, WF等）が増えただけと考えてOKです。
3.5は、2.0SP1や3.0SP1と同じランタイムです。
2.0SP1と3.0SP1にいくつかのライブラリ追加し、コンパイラをバージョンアップしたものです。
