2chのスレッドの質問拝見しました。
本件に関する直接の回答でなくてすみませんが、GOMプレイヤーの件についてはアプリ自身の問題でなく、自動更新用サーバーが乗っ取られてしまったことによる問題とのことで、現在は解決している模様です。
超人気ソフトが人質に ウイルス大規模感染の深層
同様のことは他の自動更新サーバーを持つアプリでも十分起こりえますし、動画サイト閲覧時にウイルス感染の可能性が無きにしも非ずです。不安になるたびフォーマットやクリーンインストールしていたらキリがないので、信頼性の高いセキュリティソフトの導入を検討してみてはいかがでしょうか。
MSDNフォーラムのヘルプは以下ご覧ください http://social.technet.microsoft.com/wiki/contents/articles/7359.forums-help-faq.aspx