>batファイルからWEBアプリを起動。
どういうものか想像できませんが、「batファイルからWebブラウザを起動」という意味ですか?Web アプリケーションは、通常「常に」起動している状態のはずですが…。
ブラウザの二重起動による弊害が発生していて、どうしてもブラウザ一つの状態でサイトにアクセスしてほしいという事なのでしょうか。
そういう事に苦労しても、コストに見合ったリターンはあまり期待できないと思います。
bat 以外からのブラウザ起動を防ぎようが無いし、インターネットに公開するようなサイトだと全く無意味などころか、bat からブラウザ起動を強いるサイトなど言語道断でしょう。逆に公開範囲が社内イントラネットのみだとするならば、運用で縛ればそれでよい話です。
というよりも、ブラウザを複数起動してアクセスされても平気なように Web アプリケーションを設計するのが本道ではないでしょうか。