この確認ダイアログはバージョンアップに関するものではなく、「証明書の発行元が確認できません」のような証明書に関するものですよね? であれば、発行者側でこれをコントロール手段は無いと思います。なぜなら、もし、あれば重大なセキュリティ上の問題になるからです。発行元が確認できない証明書でも、ユーザーが感知しないところで許可されたら証明書の意味がないですよね?
以上のことから、おそらくご質問のようなことは実現できないと思います。具体的にそのような設定項目や方法は、私が知る限り見たことがありません。
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