自己レスです。
新規にユーザプロファイルを作成し、新しい環境では上記トラブルは発生しませんでした。
プロファイル間の差異から下記の原因が推測されます。
1.ユーザフォルダに全角を使用(C:\Documents and Settings\「ユーザ名」)している
2.コマンドプロンプトにてsetを実行し、環境確認にてTARGETTYPEが宣言されており、
その値がdosとなっている。
既存のプロファイルでは他の設計環境が構築されているため、VB開発に携わるときのみ
別プロファイルにて行うことにしました。
以上。