Sharepointの利用状況インフラストラクチャの最大容量は6GBで、実際にはその保存期間によって除算した値が1日の最大容量になります。
このエラーはその1日の最大容量を超えてしまったために発生し、その超えた分のログは保存されません。
保存期間を短くしてはどうでしょうか。
英語の情報ですが以下の情報を参照してください。
https://docs.microsoft.com/ja-jp/archive/blogs/sharepoint_strategery/blind-spots-in-usage-file-and-web-analytics-reports