根本的なことですが、ソース管理の管理対象となるものは何を想定されていますでしょうか？ またソース管理を行いたい理由は何でしょうか？
質問文を読む限り管理対象は既に動作しているデータベースの具体的にはmdfファイルとも読み取れます。管理を行いたい理由…これが難しいです。一般論としてはバージョン管理し任意の時点に戻せることのはずですが、既に動作しているデータベースを任意の時点に戻すことに意味はない…というかこれはバックアップの範疇です。
ですがあえてこのフォーラムで質問されているわけですから、やはりバージョン管理したいということだと受け取ります。であれば、もう一度元に戻って管理対象となるのは何か、実は動作しているデータベースではなく、データベースファイルを構築するために必要となるCREATE TABLEなどのスクリプトなどが対象になってくるのではないでしょうか。
となると質問者さんはそもそも想定していた管理対象を見誤っているのではないかと私は考えます。いかがでしょうか？
その上で、SQL Server Management Studioを使用しますと既存のデータベースに対して同等のオブジェクトを構築可能なスクリプトを生成することができます。生成されたスクリプトファイルをソース管理されてはどうでしょうか？
# という回答から考えると当初投稿されたSQL Serverフォーラムで適切だったかなと思います。
