Azure App Services は、ApacheHTTPServerを利用できないでしょうか?
過去の資産で相当、Modファイルがあり、
IISで使えないので少し困っておりました。
PaaS で Apache HTTP Server を動かしたい、という要件だとおもいますが、現時点でWebAppsではできません。
AzureRunMeという3rdパーティーミドルウェアを クラウドサービスで動かくというものはあります。
https://github.com/azure-contrib/AzureRunMe