Azure AD 上で同じエンタープライズ アプリケーションを複数登録し、SSO設定を実施することが可能です。
SAML連携などにより認証連携を登録する場合、認証連携側のSaaSの構成をあまり意識しなくても良いような気もしますが、特殊な要件がある場合は、やはり実際に設定されて確認されると良いかと思います。
ご回答いただきありがとうございます。
複数登録可能とのことで認識いたしました。
実際に設定後の確認作業を厳重にしようかと思います。