以下の感じでいいと思います。
insert into dbo.テーブルB ([ID-A], 工程順序, 工程)
select [ID-A], 1 seq, 工程1 from dbo.テーブルA where 工程1 is not null
union
select [ID-A], 2 seq, 工程2 from dbo.テーブルA where 工程2 is not null
union
select [ID-A], 3 seq, 工程3 from dbo.テーブルA where 工程3 is not null
order by [ID-A], seq
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