dtsccmさん、こんにちは。
私の知りうる限りでお答えしますと、
Azure RMS Premium + FCIの組み合わせで暗号化を利用する場合、コネクタをインストールするときに指定したアカウントを利用して暗号化が実行されるため、Azure RMS Premiumのライセンスは1アカウントだけ持っていれば、暗号化自体は可能です。
また、「通常のRMSのライセンス」とのご指摘がありましたが、通常のRMSのライセンス=Windows Server の RMS ライセンスと認識して話をすると、Azure RMSで暗号化されたコンテンツに対するアクセスにWindows Server の RMS ライセンスは不要です。
参考になれば幸いです。