うる覚えで恐縮ですが、IEの挙動が変わっているので、以下を試した記憶があります。
* キャッシュの削除
* 互換性のないアドインを削除
* 信頼出来るサイトに追加(MSなど)
* 問題のあるサイトで互換モードの使用
* その他、互換性に関わる詳細設定の調整 (以前のバージョンと比較が良い)
特にMSの開発系サイトは全滅に近く、互換モードの設定まで必要だったような気がします。
企業の場合はエンタープライズモードを使用する方法もあるようです。
https://technet.microsoft.com/ja-jp/library/dn338135.aspx
曖昧で申し訳ありませんが、ご参考まで。