とっちゃんです。
会議室違い(ここではなく、VisualStudio共通フォーラムあたりが妥当でしょう)ですが...
移動は、管理者様にお願いするとして(^^;
依存の種類や階層にかかわり無く、一定数(25?)以上検出されなくなるのでしょうか?
それとも、特定の種類(Native DLLとか、動的にロードしてくるアセンブリとか)だと検出されないのでしょうか?
後者の場合なら、それはバグではなく静的検索における限界だと思われます。
P/Invoke の場合でもそうなのかはわかりませんが、全ての情報がメタデータに格納されているわけではありません。
前者だとすると、バグというよりは実装上の制限事項のような気がします(固定的に25までなんですよね?)
バグであったとしても、今日明日で直るようなものではありませんので、足りない場合は手作業で足してください。
既にリストアップされているものは依存関係リストに見つかってもそちらを優先するようになっているとおもいます。
気になるようなら、依存関係で出てきたものをインストールセットに含めないようにしてあげれば大丈夫だと思います。