VS2003までは、ASP.NETもWindowsフォームプログラムも、同じプロジェクトというところから新規作成していました。VS2005になって、ASP.NETはWebサイトから新規作成するようになったわけですが、これはVS2005に標準でASP.NET開発サーバーが同梱されたため、つまり、Webサーバーが同梱されたため、VS2005をインストールするだけで、Webサイトで動かしながら開発ができるようになったためだと思います。VS2003までは、WindowsXp Professionalであれば、別途IISをクライアントにインストールして、VS2003 + IISという形での開発でした。(WindowsXp Home Editionは不可でした)
VS2005というIDEが、Webサーバーを絡めた開発環境を提供してくれており、そのためWebサイトの新規作成を選らんだ場合は、デフォルトで通常はCドライブ直下にWebSitesというWebアプリケーションのためのフォルダーが作成され、その中にWebアプリケーションのフォルダが作成され、さらにその中にはApp_Codeや、App_Dataなどのフォルダが作成されます。つまり、Webサイトの新規作成では、本当にASP.NET開発サーバーをWebサーバーとしたWebサイトを作っているのです。
このような便利な機能をVS2005はWebサイトの新規作成で提供してくれているので、わざわざプロジェクトの作成でASP.NETを開発することは、通常は無いと思います。