A. 一番単純なケースで、デバックに使用しているWindows Phoneエミュレーターのウインドウを[X]ボタンで閉じてしまった場合
エミュレーターを終了してしまうと、設定は完全に初期化してしまうので、アプリも設定も完全にクリアされてしまいます。
B. アプリ一覧をのタイルを長押しし、端末やエミュレーターからアプリを削除した場合
アプリを削除してしまうと、アンインストール相当となり、IsolatedStorageに保存した情報もまとめて削除されてしまいます。
なんらかのトラブルでアプリの再インストールをユーザーに依頼する場合もデータが消失する旨を伝えておく必要があります。
C. WMAppManifest.xmlやAssemblyInfo.csを変更し、アプリケーションの基本情報が書き換わった場合
これに関しては私も詳細にどのような条件で起きているのかはよくわかっていませんが、このあたりの変更をしたのちにアプリのタイルがいったん削除・再登録され実質再インストールされた経験があります。
D. 何らかのトラブルによりアプリが異常終了した場合
滅多なことでは起きませんが、やはりデータ破損が起きて初期化されるケースがあるようです。おそらくデータやキャッシュの書き込み中などに例外等が発生した場合だと思いますが...。