Visual Studio のバージョンが書かれていないことと、いつからできるかがわからない状況下ですが、手元の Visual Studio 2010 にて以下の設定を試しました。

この 2 つのチェックがオフの状態で、Ctrl+E → Ctrl+D(環境によっては Ctrl+K → Ctrl+D)によるオートフォーマットを実行すると以下のようになりました。
int a = 5;
if (a == 3) {
} else {
}
これにより else 句とその前後の中かっこが一行になりましたが、反面 if 行にも始まりの中かっこが入るようになります。これ以上の細かい制御は標準でできないと予想されるので、サードパーティーのアドオンを検討するか、オートフォーマットしないように切ってしまってあきらめるかでしょうか…。