Windows 2000 Server の参加ドメインの名称変更で間違いないでしょうか?
Windows 認証という前提で話をします。
ドメイン名を変更すると、今までのドメイン名\ユーザ名という形で登録されているログイン情報は無効になります。
ですので、ローカルの Administrators 権限のあるユーザで Windows 2000 Server へログインし、osql やクエリーアナライザーやエンタープライズマネージャでユーザの追加と権限の付与を行ってください。
osql やクエリーアナライザーからユーザの追加と権限の付与は
sp_grantlogin '新しいドメイン名\ユーザ名'
sp_adduser '新しいドメイン名\ユーザ名', 'ユーザ名'
※こちらは public に追加の例
という形で設定してください。
既存の設定は一度削除してくださいね。