同一プロセスにて混在はないということですね。であれば、残る問題はマージモジュール自身がSPの有無で異なるものになっているかどうかとなります。
ちょっと調べてみようかと思い、自分のマシンを見たところ、SPなしな環境がすでにないことに気付きました(SPなしの環境でのリリースがないため、SPの適用に制約がなく、全部適用済みでした)。そのため、残念ながら、私自身は調査することができません。
幸いにも、ISをお持ちのようですので、それぞれのマージモジュールをISで直接開き、マージモジュールの ModuleSignature テーブルを参照し、値が異なるものとなっているかを確認してください。
この際、マージモジュールをSPなしのVS2005がインストールされたところからと、SPありのVS2005がインストールされたところからの両方から取得する必要があります。
また、IS自身もVS2005のマージモジュールを持っていると思いますので、これとのバージョンの違いも確認する必要があります。
もし、このテーブルの値が同じ場合、マージモジュールとしては同一のバージョン違いと解釈されるため、どちらか一つしか選べません。
たとえツール側では複数の同名モジュールを指定できるとしてもです。
これは、msiの仕組み上の制約となるため、どうにもなりません。これに対する具体的な対応策は、msiを複数に分けるかどちらかのマージモジュールにあるファイルをインストールする事前インストーラを用意するかということになります。
ISで事前インストーラを自由に作れるのかはわかりませんが。
