A vrai dire c'est tout l'art de l'architecture documentaire SharePoint...
Je vais aller plus loin : avez vous besoin d'un seul site racine ou plusieurs sous sites avec divers document library
Personnellement j'applique quelques regles dans mes choix :
- pas plus de 2000 items par dossier
- moins de 2 niveaux de dossier par Listes
- une liste par théme fonctionnel et par sécurité
Ensuite tout dépend des best practices sélectionnés et ^facon de travailler naviguer de vos users
un document ne se gere pas de la meme facon quand il s'agit de projet ou de qualité : il faut adapter catégorisation contenu et consultation