Claudio Fredes.
Entiendo que usas el enfoque Model First de Entity Framewok, ¿verdad? De ser así, una vez tengas definido el modelo puedes usar el menú contextual (clic derecho) sobre la superficie del diseñador y seleccionar
la opción [Generate database from Model].

Puedes seleccionar una base de datos existente o crear una nueva.
Espero que la información proporcionada te haya sido de utilidad, quedo atento a tus comentarios.