Instrucción:
DELETE FROM laTabla WHERE NOT condicion
"condición" es la que indica cuál es el registro que quieres conservar. Por ejemplo, si el que quieres guardar es el que tiene ID=1, entonces la sentencia sería:
DELETE FROM laTabla WHERE NOT ID=1
o lo que es equivalente:
DELETE FROM laTabla WHERE ID<>1
Obviamente, donde dice ID pon el nombre que tenga el campo de tu registro, y donde dice 1 pon el valor que quieres conservar (entre comillas simples si el campo es de tipo texto).