Les comento que estoy haciendo un sitio web. El cual utiliza una dll que ya tenemos desarrollada, la cual a su vez accede a un archivo .ini que debe residir en el mismo directorio que la dll. Esta dll accede al archivo .ini a traves de System.Reflection.Assembly.GetExecutingAssembly().Location
El problema se da debido a que al publicar el sitio web me copia el archivo .dll que fue referenciado en el proyecto web dentro de %windir%/microsoft.Net/framework/%version%/temporary ASP.NET Files/%Nombre del Sitio web%, por lo que la dll busca el archivo .ini en esa ruta y no lo halla. La cuestion en si, es si hay alguna forma de evitar que el sitio publicado se copie en esta carpeta temporal y solo use la carpeta de publicacion en la cual copiaria el archivo .ini.
