hola
cuando la vas a pasar al aspx.cs no lo haces en algun evento ? quizas en el click de un boton
si es asi con solo asignar la variable en un <asp:Hidden> podrias tomar el valor en el servidor
desde javascript simplemente usarias
var hidden1 = document.getElementById("<%=Hidden1.ClientID%>");
hidden1.value = valor;
en el valor asignar la variable que quieres enviar el aspx.cs
saludos
Leandro Tuttini
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