No es que haya ningún impedimento para capturar los checkboxes, lo único que sucede es que no ocurre automáticamente. Cuando se produzca el postback, tendrás que ejecutar por código un bucle que vaya obteniendo de la colección Request.Form el valor
de cada uno de los checkboxes, y procesándolo como consideres oportuno. Evidentemente, para que esto funcione, cuando hayas generado los checkboxes en la tabla les habrás puesto el nombre siguiendo algún criterio que luego seas capaz de utilizar para recuperar
sus valores. Nada de todo esto es automático; funcionará siempre que escribas cuidadosamente todo el código necesario para ello.
Por cierto, si la tabla es muy grande, recuerda que en las versiones modernas de ASP.NET hay un límite predeterminado de 1000 campos como máximo. Si vas a manejar tablas con más campos, tendrás que reconfigurar este límite en el web.config.