hola
creo que es indistinto, de ambas formas expones la funcionalidad mediante la web, solo cambias la forma en que se expone la informacion, si invocas metodos que expones o si lo haces mediante OData
lo que creo que es mas importante es la seguridad en la comunicacion, quizas debas evaluar poder crear una VPN o algun enlace seguro para comunicar la aplicacion
saludos
Leandro Tuttini
Blog
Buenos Aires
Argentina