La eterna lucha contra la piratería, existen muchos métodos, como el que mencionas escondiendo un archivo, una dll que se instale en algún rincón del
sistema operativo, generando una GUID (Globally Unique Identifiers), validando por internet, hasta las llaves electrónicas instaladas en el puerto paralelo, puedes checar este que es de código abierto "ActiveLock"
http://www.activelock.com/
Saludos ... MorganCun 8-) (Last Nick Morgan)