No se le pone formato a la caja de texto, sino que el formato se le aplica al texto antes de meterlo en la caja:
TextBox1.Text = string.Format("{0:###,###.00}", 999999.99);
Si lo que quieres es que el dato se formatee sobre la marcha dentro de la caja según lo va tecleando el usuario, entonces es mejor usar un control que se llama MaskedTextBox, que permite aplicarle una propiedad llamada Mask para establecer el formato.
