Hola NErk10.
Creo que deberias explicar mejor a que te refieres con actualizar un proyecto que ya esta en marcha.
Evidentemente puedes modificar tu EXE con los fuentes, añadirle o quitarle funciones.
Si a lo que te refieres es a actualizar un sistema ya implantado eso depende de como lo tengas instalado.
Puedes reemplazar un EXE por otro.
Yo por ejemplo en mis instalaciones creo una carpeta de Actualizaciones, cada x minutos busco y comparo las versiones de los EXE y si procede el sistema avisa de que se va a actualizar.
Un saludo,