No entiendo bien tu pregunta,
Primero hablas de que se desarrollo el aplicativo con vs 2010 y que despues se monto a un server y luego que si hay algún conflicto con las versiones de vs ?????????????????????????????
Ademas si desarrolaste el aplicativo usando el framework 4.0 el servidor donde la hospedes debe de tener instalado el framework 4.0 para poder que funcione !!!
Un saludo, Cristian Pérez