Desde el método de acción en el que has desencadenado todo el proceso, puedes instanciar el modelo y luego grabarlo. Me explico: presumo que tendrás un método de acción que disparas desde alguna página, el cuál
lee el PDF y te devuelve el contenido en variables. Seguidamente, esas variables las asignas una por una a las que hayas previsto en el modelo. Esto sólo es necesario si pretendes presentar esos datos en pantalla en la Vista que resulte de este método
de acción. Si sólo quieres grabarlos en base de datos, no es necesario que pasen por el Modelo. Donde sí que debes meter los datos en la clase que estés usando para grabar en base de datos. Mucha gente confunde ésta con el
modelo porque es muy sencillo usar alguna herramienta tal como Entity Framework para generar clases que se pueden usar a la vez como Modelo de MVC y además también para grabar los datos. Pero son dos cosas conceptualmente distintas.
En cualquier caso, si por ejemplo estás usando Entity Framework, instancias la entidad correspondiente, a cada una de sus propiedades le asignas uno de los datos que has sacado del PDF, y luego haces un AddObject sobre el ObjectContext y luego
haces un SaveChanges. Como ves, nada de todo esto es diferente de cómo grabarías esos mismos datos bajo cualquier otro entorno de trabajo; no tiene nada que ver el hecho de que lo estés haciendo bajo MVC.