Desde código C# no se pueden crear relaciones con tablas, pero puedes utilizar índices con la extensión [Indexed] sobre la propiedad que lo quieres utilizar, también puedes utilizar [Indexed("IX_NotaImagen", 1)]
public class Nota
{
[AutoIncrement, PrimaryKey]
public int idNota;
public string nota;
public string fecha;
}
public class Imagen
{
[PrimaryKey, AutoIncrement]
public int idimagen;
public string archivo;
[Indexed("IX_NotaImagen", 1)]
public int idNota;
}
Te recomiendo que descargues la librería de ejemplos para SQLite que se encuentran en :
https://github.com/praeclarum/sqlite-net/blob/master/license.md
Saludos