Hola,
Creo que cuando se trata de PDF por defecto no busca en el contenido, o en mi caso he podido ver que es así. Para documentos Office por defecto funciona como queremos pero no así con PDF
mira este enlace
http://geeks.ms/blogs/ciin/archive/2012/01/21/sharepoint-2010-como-configurar-la-b-250-squeda-de-archivos-pdf.aspx
¿Es posible que te esté pasando eso?, o ya lo tenéis configurado correctamente y aún así no funciona, en ese caso, mi conocimiento ya se queda corto.
Espero haberte podido ayudar ;)
Saludos