Hola,
SharePoint permite tener diversas páginas maestras, lo que no vas a poder es modificar la página maestra del visualizador de informes sin tener que modificar algún fichero del sisteam.
La mejor opción es crear tu página maestra, luego crearte una página y añadirle el Web Part de visualización de informes y a esa página cambiarle la página maestra por la que necesitas.
Alberto Diaz Martin twitter://@adiazcan | http://geeks.ms/blogs/adiazmartin | MVP SharePoint Server