Puedes usar la clase ColorTranslator (en System.Drawing):
Color miColor = ColorTranslator.FromHtml("#FFE699");
También puedes trocear el código a mano:
Color miColor = Color.FromArgb(0xFF, 0xE6, 0x99);
O convertirlo manualmente a base 10:
Color miColor = Color.FromArgb(255, 230, 153);