Lo que mas te convenga sea usar un servicio windows. un servicio windows es una aplicación especial que te permite crear programas que se ejecutan durante periodos largos de tiempo, estos servicios los puedes configurar para que se inicien cada vez que inicie
windows.
https://msdn.microsoft.com/es-es/library/zt39148a%28v=vs.110%29.aspx?f=255&MSPPError=-2147217396
Que es un servicio windows
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/d56de412(v=vs.110).aspx
Ing. Carlos Monroy MCP, MCAD, MCSD, MCTS