[...] que esté disponible desde Windows Phone y Windows 8.1[...]
En Windows 10 sí que se puede hacer una única aplicación universal, que funciona tanto en Windows Phone como en Windows de escritorio, siempre que se trate de Windows 10 en ambos casos.
Pero en 8.1 las cosas son distintas. Hay que hacer una aplicación para Windows Phone y otro ejecutable distinto para Windows de escritorio. Lo que sí se puede hacer es compartir gran parte del código. Éste se pone en lo que se denomina una "librería
universal", y se hace referencia a esta librería desde las dos aplicaciones, compartiendo así las subrutinas que son compatibles para los dos tipos de aplicación.