hola
podria ser algo como
SELECT * FROM Usuario u
INNER JOIN Rol r ON u.RolId = r.RolId
INNER JOIN Permiso p ON r.PermisoId = p.PermisoId
WHERE u.Id = @id
los campos de relacion los invente porque no conozco como es que loas estas mapeando, pero seria algo como eso
sino podrias ejecutar el codigo contra la db y con algun profiler capturar el sql que se genera
Tambien si usas VS2012 o superior podrias usar el IntelliTracepara ver el sql generado
Using IntelliTrace With Entity Framework In Visual Studio 2012
saludos
Leandro Tuttini
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Argentina