Seguramente es porque desde Visual Studio estás usando COM Interop para realizar múltiples llamadas desde Visual Studio a Excel. Estas llamadas a través de COM son lentas, y se nota especialmente si haces muchas de ellas en un bucle para insertar valores
en la hoja enviando las celdas de una en una. En lugar de eso, prueba a hacer una única llamada que inserte de golpe una matriz entera que contenga todos los valores de todas las celdas; verás que corre mucho más, puede que sea incluso un poquito más rápido
que usar la macro en VBA.