Te hago una sugerencia: Crea en paralelo y de forma provisional un nuevo proyecto que no este en blanco, sino que contenga todas las librerias. Entre ellas esta el Bootstrap. Entonces velo comparando con el tuyo, y asi ves las referencias que incluye, los
paquetes NuGet que contiene, la configuracion del Bundle, etc., y los puedes ir agregando segun proceda en tu proyecto en blanco. O tambien lo puedes hacer al reves: partir del proyecto "completo", e ir borrando todas las partes que no necesites
hasta quedarte solo con lo que vaya a usar.
Ojo, esto no vale si mezclas dos tipos de proyectos, es decir si uno lo haces con ASP.NET Core y otro con el Framework completo no puedes alegremente reproducir la configuracion de uno en el otro. Asegurate de que no estas usando un proyecto en blanco de
tipo "Core", de lo contrario no puedes usar las mismas librerias ni seguir los mismos pasos que cuando usas el Framework "grande".