hola buenos dias : Ricardo Pavez por Aca .
Mira tuve el mismo problema lo que pasa que el flujo de trabajo al igual que los formularios infopath van direcionados hacia una biblioteca de formularios si es estan haci.... pero bueno. lo que yo hice fue crear la biblioteca de nuevo y el flujo copiarlo
en las opciones de todos los archivos- Workflows
entonces tu aca copias el flujo de trabajo y lo pegas en tu migracion al momento de ir a pegar tenes que tener creado uno de prueba para que te cree esta carpeta ,el flujo de trabajo que
quieres migrar,BUENO de hay

te saldran todos pinchas sobre ellos editas el xml
<Association ListID="{C3ED1A6A-2ACF-4A09-8D1F-C7862D43703E}"y cambias el id lista por el nuevo que tu creaste
{944C8637-964E-4565-BFBC-7695495D532B}
eso me dio resultado.... Ojalas te resulte,,,,
Ricardo Pavez Analista Programador Aprendiz Sharepoint 2010