Hola Leo.
No entiendo bien tu problema.
Pero SharePoint no tiene ningún problema con las extinciones.
Si es .doc es porque fue generado con office 97-2003
Y cuando es "docx" es porque es con office 2010-2013.
Para SharePoint es diferente el documento.
Es decir
MyDoc.doc
MyDoc.docx
Para SharePoint Son archivos diferentes. y el control de versión se hace para cada archivo.
Saludos
Aldo Flores Reyes
@alduar
http://alduar.blogspot.com
La nube no es el futuro es el precente