Hallo Roland,
wenn ich dich richtig verstehe, geht es entweder um unterschiedliche Datenbanken, dann benötigst du zwei DataContext Klassen und diese werde in der ConfigureServices aus der Startup.cs gespeißt oder
aber aber du meinst die Erstellung der DependencyInjection. Diese wird in deinen Controller in den Konstruktor angeben. Auch dort würdest du zwei Klassen benötigen.
Sonst beschreibe bitte ein wenig genauer, was du meinst.
Lg Uriel