Ich habe die Antwort gefunden.
Ich hatte neben ShellView.xaml ein weiteres UserControl im MainProjekt angelegt.
Aus irgendwelchen Gründen wurde daraufhin in App.xaml dieses UserControl als StartupUri definiert. So wurde neben der Shell auch das UserControl als weiteres Fenster geöffnet. Ich habe "StartupUri=...." gelöscht und schon war das Thema erledigt. :-)