Hallo,
das "Neueste" ist nicht immer das Richtige.
SQL Server 2008 R2 (ebenso 2005 / 2008) verwendet das .NET Framework 3.5 SP1, das auf .NET Framework 2.0 basiert. Mit dem .NET Framework 4.0 (oder später) kann es nicht anfangen, das verwendet erst SQL Server 2012 / 2014 - und auch dort wird für einige Komponenten
weiter 3.5 SP1 benötigt.
Hintergrund ist, dass .NET Framework 2.0 (bis 3.5) und 4.0 (derzeit bis 4.5.2) eine unterschiedliche Basis haben, siehe auch:
NET Framework-Versionen und -Abhängigkeiten (deutsche Version nicht ganz aktuell).
Wenn Du beides nutzen willst, solltest Du .NET 3.5 SP1
und NET 4.5 (respektive 4.5.2 wäre das "Neueste") installiert haben.
Windows Update die Schuld zu geben, wäre hier unangebracht, denn SQL Server 2008 R2 setzt das .NET Framework 3.5 voraus[1], dass Du es später deinstalliert hast, steht nicht auf dem Plan ;)
Gruß Elmar
P. S.: Die SQL Server Foren sind
Für Entwickler wie für IT-Professionals sind auf MSDN wie Technet verfügbar.
[1]
Hardware- und Softwareanforderungen für die Installation von SQL Server 2008 R2