Es ist eigentlich eine Broswereinstellung, aber es kann ja sein, dass Sharepoint damit was zu tun hat.
Versuch doch mal nicht die Silverlight Funktion zu nutzen, sondern die Javascript Funktion. Also javascript:
function Navi(url)
{
window.navigate(url);
}
und das dann per Silverlight aufrufen:
HtmlPage.Window.Invoke("Navi","http://http://social.msdn.microsoft.com");
Das währe mal ein Versuch wert.