Dobrý den,
není pravda, že by SQL 2005 Express byla určena primárně k vývoji, i když to tak může být leckdy marketingově prezentováno. SQL 2005 Express je plnohodnotný databázový engine, který na rozdíl od MSDE nemá již výkonový throtling a jediným omezením v běžném provozu je velikost databáze.
Pokud tedy nepotřebujete žádné speciální "enterprise" vlastnosti plného DB serveru, což u jednoduché aplikace nebývá, pak doporučuji SQL 2005 Express, jako modernější DB stroj se zajištěnou kontinuitou podpory.
Na druhou stranu, pro malou aplikaci to není žádný významný rozdíl - proto - pokud máte jakékoliv jiné důvody pro zachování SQL2000, pak není problém. Např. pokud vám již běží jedna instance SQL2000 s nějakými databázemi, pak pokud netoužíte po specialitkách SQL2005 (např. po vynikajících možnostech CLR), není důvod instalovat vedle toho druhé SQL.