WebForm(.aspx)나 HTML 페이지를 프로젝트에 신규 항목으로 추가 시에 자동생성되는 항목을 <!doctype ...> 부분으로 변경하고 싶다는 거군요.
VS2010이 설치된 경로 하위의 \Web\WebNewFileItems 디렉터리를 보시면 웹 프로젝트 항목에 대한 템플릿이 존재합니다.
HTMLPage.htm이 HTML 페이지이고, \CSharp\WebForm.aspx가 WebForm에 대한 템플릿입니다.
해당 템플릿을 변경하시고, VS를 재시작하시면 됩니다.
또는 굳이 기본 템플릿을 변경할 필요없이 Custom Item Template을 만드는 방법도 있습니다.
원하시는대로 변경한 WebForm/HTML 파일을 선택 후 파일(File) -> 템플릿 내보내기(Export Template..) 선택 후 항목 템플릿(Item Template)를 선택해서 진행하시면 됩니다.
이렇게 추가한 Custom Item Template은 이후 항목 추가 대화상자(Add New Item Dialog)에 나타납니다.