일단, 소스 코드를 "파일" 메뉴의 "Advanced Save Options" 메뉴를 이용하여 "UTF-8" 또는 "Unicode" 로 저장하십시오. (아니면, 그런 일을 일괄적으로 하는 간단한 프로그램을 만드시면 됩니다.)
주의할 것은, 반드시 위의 작업을 현재 언어가 "일본어"로 설정된 윈도우에서 해주어야 합니다. (윈도우 7의 경우라면, 제어판의 "Region and Language" 에서 "Admnistrative" 탭의 "Language for non-Unicode programs)" 값)
그렇게 하고 나면 한글 윈도우에서 해당 소스 코드 파일들을 작업해도 깨지지 않습니다.