El Collation del servidor se puede cambiar haciendo un "rebuild" de la base MASTER. Fijate en los books online sobre este tema (rebuild master).
También tené en cuenta que el Collation de cualquier base de datos puede cambiarse con los comandos TSQL:
Alter Database MyDatabase
Collate SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS
Donde lo especificado luego de "Collate" es cualquier configuración soportada por MSSQL.
Saludos,
Andrés.